增值税进项税额抵扣与企业所得税税前扣除，有一定的相似性，主要体现在它们都很倚重发票。但与此同时，增值税抵扣和所得税扣除又有明显不同，具体体现在以下四个方面。
一、抵扣（或扣除）的范围不同
增值税：增值税进项税额，是纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产支付或者负担的增值税额。进项税额抵扣，必须符合法定的抵扣范围。现行增值税政策对进项税额抵扣范围采用反列举方式予以限定。
根据《增值税暂行条例》和《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号印发）规定，进项税额不得从销项税额中抵扣的情形主要有六类：一是用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、劳务、服务、无形资产和不动产；二是非正常损失的购进货物，以及相关的劳务和交通运输服务；三是非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物（不包括固定资产）、劳务和交通运输服务；四是非正常损失的不动产，以及该不动产所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务；五是非正常损失的不动产在建工程所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务；六是购进的贷款服务、餐饮服务、居民日常服务和娱乐服务。
除了上述不得抵扣的项目，其余的进项税额都属于可以抵扣的范围。
企业所得税：企业所得税税前扣除项目包括成本、费用、税金、损失和其他支出等。企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。《企业所得税法》及其实施条例对税前扣除项目具体范围、扣除标准及特别规定等予以明确。与增值税进项税额抵扣强调购进货物、劳务等支付或负担的增值税额不同，企业实际发生的支出若要归入税前扣除项目，必须是与取得收入直接相关的支出，且是符合生产经营活动常规的必要、正常支出。
此外，根据《企业所得税法实施条例》规定，企业发生的支出应当区分收益性支出和资本性支出。收益性支出在发生当期直接扣除；资本性支出应当分期扣除或者计入有关资产成本，不得在发生当期直接扣除。
二、抵扣（或扣除）的凭证种类不同
增值税：现行增值税政策对增值税扣税凭证采用正列举方式予以明确。根据《增值税暂行条例》规定，纳税人从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额；从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额；按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和规定的扣除率计算的进项税额；以及自境外单位或者个人购进劳务、服务、无形资产或者境内的不动产，从税务机关或者扣缴义务人取得的代扣代缴税款的完税凭证上注明的增值税额，准予从销项税额中抵扣等。此外，抵扣凭证还包括部分增值税电子普通发票、客票行程单等，如购进国内旅客运输服务、支付道路通行费，取得的增值税电子普通发票上注明的增值税额，允许按规定进行抵扣。
《增值税暂行条例》规定，纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产，取得的增值税扣税凭证不符合法律、行政法规或者国务院税务主管部门有关规定的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
企业所得税：企业所得税税前扣除凭证，是指企业在计算企业所得税应纳税所得额时，证明与取得收入有关的、合理的支出实际发生，并据以税前扣除的各类凭证。
国家税务总局公告2018年28号公告规定，税前扣除凭证在管理中遵循真实性、合法性、关联性原则。税前扣除凭证从本质上看，属于行政证据范畴，其遵循原则也与行政证据的真实性、关联性、合法性的“三性”一致。税前扣除凭证，按照来源分为内部凭证和外部凭证。
内部凭证是指企业自制用于成本、费用、损失和其他支出核算的会计原始凭证，内部凭证的核心是“企业自制”，如工资发放表等；外部凭证是指企业发生经营活动和其他事项时，从其他单位、个人取得的用于证明其支出发生的凭证，外部凭证包括但不限于发票、财政票据、完税凭证、收款凭证、分割单等。
需要注意的是，企业应当取得而未取得发票、其他外部凭证或者取得不合规发票、不合规其他外部凭证的，若支出真实且已实际发生，可补开换开发票、其他外部凭证。在补开换开过程中，因对方注销、撤销、依法被吊销营业执照、被税务机关认定为非正常户等特殊原因无法补开换开的，也可凭28号公告规定的必备相关资料证实支出真实性后在税前扣除。
综合来看，发票通常兼有增值税抵扣和所得税扣除的双重用途，但对于增值税而言，发票作为进项税额抵扣凭证，扣的是“税”（销项税额），减少的是应纳税额；而对于企业所得税而言，发票作为成本费用扣除凭证，扣的是“收入”，减少的是应纳税所得额，发票在两税中的作用并不相同。
三、抵扣（或扣除）所属期归属不同
增值税：增值税一般纳税人取得增值税专用发票等扣税凭证，需按规定办理认证，并向主管税务机关申报抵扣。
增值税扣税凭证还曾存在规定的认证期限，凡逾期未申报认证的，一律不得作为扣税凭证。发票认证（勾选确认）期限从最早的90天（自2003年3月1日起）到180天（自2010年1月1日起），自2017年7月1日起，由180日延长至360日。《国家税务总局关于取消增值税扣税凭证认证确认期限等增值税征管问题的公告》（国家税务总局公告2019年第45号）取消了增值税扣税凭证的勾选、确认和申报期限。需要注意的是，上述规定是针对增值税一般纳税人取得2017年1月1日及以后开具的增值税专用发票等增值税扣税凭证。
增值税进项税额必须在完成勾选确认这一规定操作后才能抵扣。纳税人抵扣进项税额的所属期，需视其在增值税发票综合服务平台勾选、确认抵扣用途的所属月份，而并非按照增值税扣税凭证开具所属月份，或追溯至交易所属月份。
企业所得税：企业所得税的税前扣除的所属期，遵循权责发生制原则。企业发生支出，应于支出发生时取得税前扣除凭证；未能及时取得的，企业应当在规定的汇算清缴期结束前取得税前扣税凭证，作为支出所属年度计算企业所得税应纳税所得额时扣除相关支出的依据；
企业以前年度应当取得而未取得税前扣除凭证，且相应支出在该年度没有税前扣除的，在以后年度取得符合规定的税前扣除凭证，相应支出按照权责发生制原则追溯调整至该支出发生年度税前扣除，但追补年限不得超过五年。
需要注意的是，发票认证是增值税抵扣的前置条件，但并不直接影响所得税扣除。即，未按规定进行认证抵扣的发票等增值税扣税凭证，如符合企业所得税现行扣除政策规定，并不影响其作为企业所得税的税前扣除凭证。
四、重新取得凭证的时限要求不同
增值税：增值税方面，对纳税人未按规定取得增值税扣税凭证而重新取得合法有效扣税凭证，现行政策无相关时限要求。
企业所得税：企业所得税方面，根据《企业所得税税前扣除凭证管理办法》（国家税务总局公告2018年第28号）规定，企业应当取得而未取得发票、其他外部凭证或者取得不合规发票、不合规其他外部凭证的，要求销货方补开、换开发票、其他外部凭证等税前扣除凭证的时限，通常为在当年度汇算清缴期结束前。
此外，还有一个“60日内”的特殊规定，即汇算清缴期结束后，税务机关发现企业应当取得而未取得发票、其他外部凭证或者取得不合规发票、不合规其他外部凭证并且告知企业的，企业应当自被告知之日起60日内补开、换开符合规定的发票或其他外部凭证。
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